Luigi Ricciardi 1 , Rosa Mazzeo 2,*© , Angelo Raffaele Marcotrigiano 1 , Guglielmo Rainaldi 3 , Paolo Iovieno 4 , Vito Zonno 1 , Stefano Pavan 1 © ve Concetta Lotti 2,*
- 1 Toprak, Bitki ve Gıda Bilimleri Bölümü, Bitki Genetiği ve Islah Birimi Bari Üniversitesi, Via Amendola 165/A, 70125 Bari, İtalya; luigi.ricciardi@uniba.it (LR);angelo.marcotrigiano@uniba.it (KOL); vito.zonno@uniba.it (VZ); stefano.pavan@uniba.it (SP)
- 2 Tarım, Gıda ve Çevre Bilimleri Bölümü, Foggia Üniversitesi, Via Napoli 25, 71122 Foggia, İtalya
- 3 Biyobilimler, Biyoteknolojiler ve Biyofarmasötikler Bölümü, Bari Üniversitesi, Via Orabona 4, 70125 Bari, İtalya; guglielmo.rainaldi@uniba.it
- 4 Enerji Teknolojileri Bölümü, Biyoenerji, Biyorafineri ve Yeşil Kimya Bölümü, ENEA Trisaia Araştırma Merkezi, SS 106 Ionica, km 419+500, 75026 Rotondella (MT), İtalya; paolo.iovieno@enea.it
* Yazışma: rosa.mazzeo@unifg.it (RM); concetta.lotti@unifg.it (CL)
Özet:
Soğan (Allium cepa L.) dünya çapında en önemli ikinci sebze ürünüdür ve sağlık yararları nedeniyle geniş çapta takdir edilmektedir. Önemli ekonomik önemine ve fonksiyonel gıda olarak değerine rağmen soğan, genetik çeşitliliği açısından yeterince araştırılmamıştır. Burada, Bari eyaletindeki (Apulia, Güney İtalya) küçük bir kasabada asırlık bir tarım geçmişine sahip yerel bir çeşit olan “Acquaviva kırmızı soğan”daki (ARO) genetik çeşitliliği araştırdık. 11 ARO popülasyonu ve üç yaygın ticari tipten oluşan bir germplazma koleksiyonundaki genetik çeşitliliği araştırmak için 13 mikrosatellit işaretleyiciden oluşan bir set kullanıldı. Genetik yapının parametrik ve parametrik olmayan yöntemlerle analiz edilmesi, ARO'nun sıklıkla karıştırıldığı Tropea ve Montoro yerel türlerinden açıkça farklı, iyi tanımlanmış bir gen havuzunu temsil ettiğini vurguladı. Genellikle taze tüketim için kullanılan soğanların bir tanımını sağlamak amacıyla, çözünür katı içeriği ve keskinliği değerlendirilmiş olup, yukarıda belirtilen iki yerel çeşitle karşılaştırıldığında ARO'da daha yüksek tatlılık görülmüştür. Genel olarak bu çalışma, ticari dolandırıcılıkların sınırlandırılmasına ve küçük çiftçilerin gelirinin artırılmasına katkıda bulunabilecek kalite etiketleri yoluyla desteklenebilecek ARO'nun gelecekteki değerlemesi için faydalıdır.
Giriş
Allium cinsi yaklaşık 750 tür içerir [1], bunların arasında soğan (Allium cepa L., 2n = 2x =16) en yaygın olanlardan biridir. A. cepa'nın iki yıllık bir döngüsü vardır ve üreme davranışını aşar. Günümüzde soğan küresel üretimi (97.9 Mt) onu domatesten sonra ikinci en önemli sebze ürünü haline getirmektedir [2]. Çok eski zamanlardan beri soğan soğanı hem gıda olarak hem de halk hekimliğinde kullanılmaktadır. Aslında, eski Mısırlılar, MÖ 1550'ye ait tıbbi bir papirüs olan Codex Ebers'de sarımsak ve soğan kullanımına dayanan çeşitli tedavi formüllerini zaten bildirmişlerdi [3].
Bu çok yönlü ve sağlıklı sebze, çiğ, taze veya işlenmiş ürün olarak tüketilmekte ve birçok yemeğin lezzetini arttırmak için kullanılmaktadır. Son zamanlarda yapılan birçok çalışma, soğan tüketiminin kardiyovasküler hastalıklar [4,5], obezite [6], diyabet [7] ve çeşitli kanser türleri [8-10] riskini azaltabileceğini iddia etmektedir. Soğanın sağlık açısından özellikleri genellikle iki sınıf nutrasötik bileşiğin yüksek seviyelerine atfedilir: flavonoidler ve alk(en)il sistein sülfoksitler (ACSO'lar). Birinci sınıf flavonolleri ve antosiyaninleri içerir. Quercetin, serbest radikal temizleme ve geçiş metali iyonlarının bağlanmasında güçlü antioksidan ve antiinflamatuar özellikleriyle bilinen, tespit edilebilir ana flavonoldür. [11]; antosiyaninler ise bazı soğan çeşitlerine kırmızı/mor renk verir. ACSO'lara gelince, en bol olanı izoalliindir [(+)-trans-S-1-propenil-L-sistein sülfoksit] [12]soğanın keskin aroması ve tadından dolaylı olarak sorumlu olan, hücrelerde depolanan, uçucu olmayan ve proteinojenik olmayan bir kükürt amino asididir. [13]. Doku bozulması üzerine izoalliin, alliinaz enzimi tarafından parçalanarak yırtılmaya neden olan ve hoş olmayan kokuya (keskinlik) neden olan bir dizi uçucu bileşik (piruvat, amonyak, tiyosülfonatlar ve propanetial S-oksit) üretilir. [14]. Soğanın keskinliği genellikle hidroliz yoluyla üretilen pirüvik asidin taze ağırlığın gramı başına miktarı olarak ölçülür. [15, 16].
Akdeniz havzasındaki ülkelerde ikincil çeşitlilik merkezlerinden biri olarak önerilen A. cepa [17, 18]Soğan soğanları şekil, boyut, renk, kuru madde ve keskinlik bakımından geniş bir çeşitlilik gösterir. [19-22]. Ayrıca kükürt bazlı gübreleme, tarımsal uygulamalar, toprak türü, iklim koşulları ve çeşitlerin veya yerel çeşitlerin genotipi, kendine özgü organoleptik ve besin değerleri vererek soğan kalitesini etkileyebilir. [23-27]. İtalya'da, geniş soğan gen kaynağı mevcudiyetine rağmen, yalnızca birkaç soğan çeşidi sıklıkla bilimsel çalışmalara tabi tutulmakta ve uygun şekilde karakterize edilmektedir. [28, 29].
Tarımsal biyolojik çeşitliliğin tamamen genetik ve fenotipik karakterizasyonu, bitki genetik kaynaklarının uygun şekilde korunmasını sağlamak ve değer zincirinde belirli genotiplerin kullanımını teşvik etmek için çok önemlidir. [30-32]. Basit dizi tekrarı (SSR) işaretçileri genellikle haritalama için seçilmiştir [33-35], DNA parmak izi ve çeşit ayrımcılığı [36-38]ve yerel türler içindeki ve arasındaki genetik çeşitliliğin güvenilir tahmini [39-42]Lokusa özgü, çoklu alelik, ortak baskın olarak kalıtsal, yüksek oranda tekrarlanabilir ve otomatik genotiplemeye uygun oldukları için.
Bu çalışmada dikkatimizi Bari ilinin Acquaviva delle Fonti kasabasının küçük bir bölgesinde organik tarım yöntemlerine göre yetiştirilen Apulia'nın geleneksel yerel çeşidi olan “Acquaviva kırmızı soğanı” (ARO) üzerine yoğunlaştırdık. (Apulia, Güney İtalya). Bu yöreye özgü soğanları büyük, basık ve kırmızı renkli olup, yöresel tariflerde yaygın olarak kullanılmaktadır. ARO, "Slow Food Presidium" kalite işaretini kazanmış olsa da üretimi, korunan coğrafi işaret (PGI) ve korunan menşe adı (POD) gibi Avrupa Birliği kalite işaretleri tarafından daha da desteklenebilir ve korunabilir; zira bunlar, tüketimin sınırlandırılmasına katkıda bulunabilir. Ticari dolandırıcılıkların önüne geçmek ve küçük çiftçilerin gelirlerini artırmak. Burada, SSR moleküler belirteçleri, ARO popülasyonları arasındaki genetik çeşitliliği değerlendirmek ve bu yerel türü diğer iki Güney İtalya kırmızı soğan yerel türünden ayırmak için güçlü araçlar olarak kullanıldı. Ayrıca ARO lezzetini pazar talebiyle bağlantılı olarak değerlendirmek için keskinlik ve çözünür katı içeriğini tahmin ettik.
Sonuçlar
Acquaviva Kırmızı Soğan Germplazm Koleksiyonunun Oluşturulması ve Morfolojik Karakterizasyonu
BiodiverSO Apulia Bölgesi projesi çerçevesinde çiftçiler tarafından bağışlanan ARO yerel çeşidinin 13 popülasyonunun tohumları, bir ARO germplazm koleksiyonu oluşturmak için kullanıldı.
Soğan, kabuk ve et ile ilgili morfolojik tanımlayıcılar, ARO germplazmı ve ikisi "Tropea kırmızı soğan" (TRO) yerel türüne ve biri "Montoro bakır soğan" (MCO) yerel türüne ait olan üç yerel soğan çeşidi üzerinde toplandı (Şekil 1). 1). Tüm ARO ampulleri düzdü ve farklı kırmızı tonlarında kırmızı dış kabuk ve et ile karakterize ediliyordu. Buna karşılık, TRO ampullerinin eti tamamen kırmızıydı, oysa MCO ampullerinin eti zayıf pigmentliydi (Tablo S1). Biyokimyasal analiz, katı çözünebilir içeriğin ve keskinliğin değerlendirilmesine olanak sağladı. Tabloda bildirildiği gibi 1, ARO popülasyonlarındaki soğanların katı çözünür içeriğinin ortalama değerleri 7.60 idi ve 6.00 (ARO12) ila 9.50° Brix (ARO11 ve ARO13) arasında değişiyordu. Bu değer, TRO ve MCO yerel çeşitleri için tahmin edilenden daha yüksekti (sırasıyla 4.25 ve 6.00° Brix).
Tablo 1. “Acquaviva Kırmızı Soğan” (ARO), “Tropea Kırmızı Soğan” (TRO) ve “Montoro Bakır Soğan” (MCO) Popülasyonlarında Değerlendirilen Katı Çözünür İçerik ve Keskinlik Değerleri *.
KOD | Çözünür Katı İçerik (Brix) | keskinlik (pmolg-1 FW) | ||
Anlamına gelmek | CV y (%) | Anlamına gelmek | CV y (%) | |
ARO1 | 6.25 D* | 5.65 | 5.84 abs * | 23.78 |
ARO2 | 7.25 DC | 4.87 | 6.51 | 22.98 |
ARO3 | 7.50 BCD | 9.42 | 5.28 ab | 22.88 |
ARO4 | 7.50 BCD | 0.00 | 6.97 | 3.74 |
HOOP 5 | 7.50 BCD | 0.00 | 6.80 | 9.68 |
ARO6 | 6.25 D | 5.65 | 4.51 ab | 39.18 |
ARO7 | 7.25 DC | 4.87 | 5.25 ab | 15.44 |
ARO8 | 9.00 AB | 0.00 | 7.04 | 3.49 |
ARO9 | 8.25 ABC | 4.28 | 6.84 | 0.15 |
ARO10 | 7.00 DC | 0.00 | 5.94 ab | 6.57 |
ARO11 | 9.50 | 7.44 | 5.54 ab | 16.43 |
ARO12 | 6.00 D | 0.00 | 4.91 ab | 9.70 |
ARO13 | 9.50 | 7.44 | 6.63 | 24.93 |
MCO | 6.00 D | 0.00 | 4.18 ab | 2.66 |
TRO1 | 4.25 E | 8.31 | 2.80 b | 2.10 |
TRO2 | 4.25 E | 8.31 | 4.28 ab | 4.79 |
* Büyük ve küçük harflerle aynı harflere sahip ortalamalar sırasıyla 0.01P veya 0.05P'de istatistiksel olarak farklı değildir (SNK Testi). y Değişim katsayısı.
Piruvik asit içeriğine göre değerlendirilen ARO keskinliğinin ortalama değeri 6.00 idi ve 4.51 pmol g arasında değişiyordu.-1 FW (ARO6) ila 7.04 (ARO8). Bu değer TRO ve MCO yerel çeşitlerinde tahmin edilenden daha yüksekti (3.54 pmol g-1 FW ve 4.18 pmol g-1 Sırasıyla FW).
SSR Polimorfizmi ve Aksyonlar Arasındaki Genetik İlişkiler
Bu çalışmada, test edilen 11 SSR primer kombinasyonundan 37'i tek lokuslu polimorfizmler sağladı, yani tek bir bireyde en fazla iki amplifikasyon ürünü verdi. Genel olarak, lokus başına alel sayısı 55 (ACM320 ve ACM 2) ila 147 (ACM504) arasında değişen ve ortalama değeri 11 alel olan 132 bireyde 5 alel tespit edildi (Tablo XNUMX). 2). Bireysel popülasyonlarda alel sayısı (Na) 1.94 (ACM147 ve ACM504) ile 5.38 (ACM132) arasında değişirken etkili alel sayısı (Ne) 1.41 (ACM152) ile 2.82 (ACM449) arasında değişmektedir. tutarsızlıklar Na ve Ne değerleri arasındaki bu farkın nedeni popülasyonlarda düşük frekanslı alellerin bulunması ve sadece birkaç allelin baskın olmasıdır. Gözlenen en yüksek heterozigotluk (Ho) değeri ACM138 ve ACM449 (0.62) için vurgulanırken en düşük değer ACM152 (0.25) ile ilişkilendirildi. Panmiktik bir popülasyonda teorik beklentiye karşılık gelen beklenen heterozigotluk (He), 0.37 (ACM504) ila 0.61 (ACM132, ACM138 ve ACM449) arasında değişmektedir. Wright'ın sabitleme indeksi (Fis), tüm belirteçler için sıfıra yakın değerler (ortalama 0.05) sergiledi; bu, çaprazlanan bir tür için beklendiği gibi, gözlemlenen ve beklenen heterozigotluk seviyeleri arasında benzer değerleri gösterir. Bireysel SSR işaretleyicisinin genetik parmak izi almadaki etkinliği, polimorfik bilgi içeriği (PIC) indeksi ile tahmin edildi; ortalama değer 0.48'di ve 0.33 (ACM504) ile 0.67 (ACM132) arasında değişiyordu. Başka bir verimlilik endeksi olan Shannon Bilgi Endeksi (I), 0.84'lük bir ortalama değer sergiledi ve varsayılan değerler 0.45 (ACM152) ila 1.20 (ACM132) arasında değişiyordu.
Tablo 2. ARO, TRO ve MCO Popülasyonlarındaki Genetik Çeşitliliği Tahmin Etmek İçin Kullanılan 11 SSR Belirtecinin Polimorfizm Özellikleri. Toplam Alel Sayısı (Na), Bant Boyutu Aralığı ve Polimorfik Bilgi İçeriği (PIC) İndeksi, Bu Çalışmada Genotiplendirilen Toplam 320 Birey Grubuna Başvurur. Alel Sayısı (Na), Etkili Alel Sayısı (Ne), Gözlemlenen Heterozigotluk (Ho), Beklenen Heterozigotluk (He), Fiksasyon İndeksi (F)is) ve Shannon Bilgi Endeksi (I), Her Biri 16 Bireyden Oluşan 20 Popülasyondan Hesaplanan Ortalama Değerleri ifade eder.
Locus. | Toplam Yok | Boyut Aralığı (bp) | PIC | Anlamına gelmek | |||||
Na | Ne | Ho | He | I | Fis | ||||
ACM91 | 4 | 189-205 | 0.40 | 2.63 | 1.72 | 0.38 | 0.39 | 0.66 | 0.04 |
ACM101 | 4 | 229-241 | 0.52 | 2.94 | 2.37 | 0.53 | 0.56 | 0.92 | 0.06 |
ACM132 | 11 | 186-248 | 0.67 | 5.38 | 2.78 | 0.55 | 0.61 | 1.20 | 0.09 |
ACM138 | 5 | 242-272 | 0.66 | 3.69 | 2.82 | 0.62 | 0.61 | 1.09 | -0.02 |
ACM147 | 2 | 264-266 | 0.37 | 1.94 | 1.83 | 0.44 | 0.44 | 0.62 | -0.01 |
ACM152 | 4 | 228-244 | 0.25 | 2.38 | 1.41 | 0.25 | 0.27 | 0.45 | 0.07 |
ACM235 | 4 | 286-298 | 0.41 | 2.81 | 1.77 | 0.44 | 0.41 | 0.72 | -0.06 |
ACM446 | 6 | 108-120 | 0.56 | 3.50 | 2.48 | 0.49 | 0.58 | 1.01 | 0.16 |
ACM449 | 8 | 120-140 | 0.66 | 4.88 | 2.82 | 0.62 | 0.61 | 1.18 | -0.03 |
ACM463 | 5 | 202-210 | 0.47 | 3.38 | 1.95 | 0.46 | 0.48 | 0.83 | 0.05 |
ACM504 | 2 | 188-192 | 0.33 | 1.94 | 1.64 | 0.30 | 0.37 | 0.54 | 0.20 |
Anlamına gelmek | 5 | 0.48 | 3.22 | 2.15 | 0.46 | 0.48 | 0.84 | 0.05 |
Popülasyonlar arasında, ARO3, ARO6, ARO8, ARO10, TRO1 ve MCO, yüksek düzeyde genetik çeşitlilik sergilerken (Ho> 0.5), en düşük çeşitlilik ise ARO7 popülasyonunda (Ho = 0.27) gözlendi (Ek Tablo S2). Genel olarak, görüntülenen tüm katılımlar Fis sıfıra yakın değerler (Fis ortalama değer = 0.054), rastgele çiftleşme koşulları altında beklendiği gibi.
Moleküler Varyans ve Genetik Yapının Analizi
Popülasyonlar arasındaki ve içindeki genetik çeşitliliğin hiyerarşik bölünmesi AMOVA tarafından hesaplandı. Sonuçlar, popülasyonlardaki genetik çeşitliliğin önemli bir kısmını (%87) ortaya çıkardı. Popülasyonlar arasındaki varyasyon (%13) oldukça anlamlıydı (P < 0.001) (Tablo 3). Wright'ın Fst sabitleme indeksinin bir benzeri olan Fpt parametresinin 0.002 (ARO2/ARO10) ile 0.468 (ARO7/TRO2) arasında değişen ikili değerleri anlamlıydı (P <0.05), dokuz ikili karşılaştırma hariç (Ek Tablo S3).
Tablo 3. 320 Populasyondan 16 Genotipin Moleküler Varyansının Analizi Allium cepa L.
Kaynak | df | Karelerin Toplamı | Varyans Tahmini | Varyans (%) | Fpt | P |
Popülasyonlar arasında | 15 | 458.63 | 1.16 | İNDİRİM | ||
Popülasyonlar içinde | 304 | 2272.99 | 7.50 | İNDİRİM | 0.134 | 0.001 |
Toplam | 319 | 2731.62 | 8.66 |
Genetik yapının araştırılması A. cepa Bu çalışmada genotiplendirilen koleksiyon, STRUCTURE yazılımında uygulanan karışım modeline dayalı kümeleme analizi aracılığıyla gerçekleştirildi. Evanno AK yöntemi, çalışmamız için en bilgilendirici yöntem olarak iki kümeye (K = 2) alt bölümlemeyi önerdi. veri kümesi,th ilee sonraki en yüksek peak K'da = 5 (ek Şekil S1). bir çatal = 2, ahpopulasyonlarişte kıçigned fazlanvef iki küme ile a rnernbertoip katsayısı (q) > 0.7. Olduğu gibihodahil olmak şekil 2aİlk küme (S1 olarak adlandırılır) MCO'yu ve tüm ARO popülasyonlarını içerirken, S2 kümesi iki TRO popülasyonunu gruplandırdı. K = 5'te veri kümesinin daha derin bir tanımını sağlar (Şekil 2b), katılımların %75'i beş kümeden birine atanmıştır. ARO (S1) ve TRO (S2) arasındaki ayrım doğrulandı, ancak bazı ARO popülasyonları karıştırıldı (q < 0.7) veya iki yeni S3 ve S4 kümesinde (sırasıyla ARO7 ve ARO12) ayrı ayrı gruplandırıldı. İlginç bir şekilde, MCO ticari tipi, Apulian kırmızı soğanından ayrılmış ayrı bir küme (S5) oluşturdu.
Popülasyonlar Arasındaki Genetik İlişkiler
SSR polimorfizmi, genetik çeşitliliğin bir dendrogramının çizilmesine izin verdi ve filogenetik analizin sonuçları Şekilde gösterilmiştir. 3a. Burada germplazm koleksiyonu, önyükleme değerleriyle güçlü bir şekilde desteklenen beş gruba bölündü. ARO7 ve ARO12 popülasyonları geri kalan popülasyonlardan hemen ayrıldı ve iki ayrı küme oluşturdu. Üçüncü küme, TRO'nun iki ticari popülasyonunu içeriyordu, bu arada dördüncü düğüm, MCO'yu on bir ARO popülasyonundan ayırdı. Popülasyonlar arasında meydana gelen genetik ilişki, temel koordinat analizi (PCoA) aracılığıyla daha da araştırıldı (Şekil 3b). Daha önce vurgulandığı gibi, PCoA grafiğinde izole konumlarda görünen ARO12 ve ARO7 dışında ARO popülasyonları sıkı bir şekilde gruplandırıldı. İki TRO ve MCO popülasyonu çizimin sağ alt paneline dağılmıştı.
Şekil 3. 16 kişi arasındaki genetik çeşitlilik A. cepa Bu çalışmada SSR profillerine göre karakterize edilen popülasyonlar. (a) Genetik mesafenin UPGMA dendrogramı. Önyükleme destek değerleri >50, karşılık gelen düğümlerin üzerinde gösterilir; (b) temel bileşen analizi (PCoA). Kırmızı daire içine alınmış küme, filogenetik analizle oluşturulan ve 11 ARO katılımından oluşan grupla tamamen eşleşti.
Tartışma
Güney İtalya'da geleneksel olarak yetiştirilen büyük miktardaki tarımsal biyolojik çeşitlilik içerisinde, yerel soğan çeşitleri, genetik erozyon riskine ve modern çeşitlerin yerini alma tehdidine karşı korunması gereken niş ürünleri temsil etmektedir. Yerel mirasla güçlü bir şekilde bağlantılı olan Apulia bölgesinin genetik kaynaklarını toplamayı, karakterize etmeyi, tanıtmayı ve korumayı amaçlayan bölgesel BiodiverSO projesi çerçevesinde, ARO yerel türüne ait 13 popülasyondan oluşan bir tohum koleksiyonu oluşturduk. ARO varyasyonunun, DNA polimorfizmleri ve tat özellikleriyle ilgili ve taze pişmemiş ürünlerin kabulü için önemi olan iki biyokimyasal parametre (çözünür katı ve pirüvik asit içeriği) açısından ilk değerlendirmesini bildirdik. Ek olarak, ARO yerel çeşidine ilişkin veriler, sıklıkla karıştırıldığı diğer iki pigmentli yerel soğan çeşidinden toplanan verilerle karşılaştırıldı.
Biyokimyasal analizler, tatlı soğan endüstrisi kurallarına göre, yüksek çözünür katı içeriği ve orta keskinlik ile ilgili 13 ARO popülasyonunun tatlılığını vurguladı. [31]. ARO ampulleri, TRO ve MCO yerel çeşitlerinden daha tatlıydı ve biraz daha yüksek bir keskinlik sergiliyordu. Ancak soğandaki tatlılık, şeker içeriği ile keskinlik arasındaki dengeden kaynaklanmaktadır, dolayısıyla bu karakterizasyon, genellikle çiftçiler tarafından yalnızca morfolojiye dayalı olarak gerçekleştirilen, değerli genotiplerin seçimini desteklemek için yararlı olabilir.
Her ne kadar Acquaviva delle Fonti kasabası gibi dar bir yetiştirme alanında toplanmış olsalar da, SSR işaretleyicilerinin genotipleri ayırt etmek için yararlı bir araç olduğu doğrulandı. Seçilen işaretleyiciler, daha önce rapor edilen işaretleyicilerden daha yüksek sayıda alel sergiledi. [43] ve [44]ancak rapor edilen belirteçlerden daha düşük [45]. Dahası, belirteç setimizin %50'si 0.5'ten büyük PIC indeks değerleri gösterdi; bu da koleksiyondaki popülasyonları ayırt etmek için uygun olduğunu kanıtladı. [46]. Popülasyonlar içindeki çeşitliliğin değerlendirilmesi, Ho ve He arasında benzer değerleri ortaya çıkardı, bu da düşük Fi ile sonuçlandıs değerler. Bu, geçişin doğasıyla uyum içindedir. A. cepa, akraba evliliği depresyonundan ciddi şekilde muzdarip olan [47]. Genel Fis Bu çalışmada dikkate alınan soğan popülasyonlarında hesaplanan değer (0.054), daha önce tarafından bildirilen değerden daha düşüktü. [45] (0.22) ve bulunanla hemen hemen aynı [31] (0.08) ve [48] (0.00) sırasıyla kuzeybatı İspanya ve Nijer'deki yerel soğan türlerindeki genetik çeşitliliği değerlendirdi. ARO popülasyonlarındaki kayda değer düzeydeki heterozigotluk, Apulia'nın birçok bahçecilik türü için bir çeşitlilik merkezi temsil ettiği fikrini güçlendiriyor [32, 42, 49-51].
AMOVA, bu çalışmada genotiplenen koleksiyondaki moleküler varyasyonun çoğunun popülasyonlarda yattığını vurguladı. Bununla birlikte, popülasyonlar arasında önemli genetik farklılaşma (FPT değerler) genetik tabakalaşmanın oluşumunu ortaya çıkardı. Aslında, sonuçlarımız çoğu ARO popülasyonunda iyi tanımlanmış bir küme oluşturan genetik tekdüzeliğin varlığını göstermesine rağmen, ARO7 ve ARO12 popülasyonları açıkça farklı bir genetik profil sergiledi. Bu sonuç, popülasyonların toplandığı iki çiftçinin kullandığı tohumların farklı kökene sahip olmasından kaynaklanıyor olabilir. Ayrıca, elde edilen sonuçlara göre, ARO yerel çeşidinin, TRO ve MCO yerel çeşitlerinden genetik düzeyde açıkça farklı olduğu düşünülebilir. Yakın zamanda yapılan bir çalışmada, [29] "Acquaviva", "Tropea" ve "Montoro" dahil olmak üzere birçok İtalyan yerel soğan çeşidinin genetik çeşitliliğini değerlendirdi. Yazarlar daha geniş bir soğan koleksiyonunun genetik çeşitliliğini değerlendirmek için SNP belirteçlerini kullansa da genotipleme "Acquaviva"yı "Tropea" ve "Montoro" soğanlarından ayırt edemedi. Muhtemelen bu tutarsızlık, bulunan düşük ortalama PIC değerinden (0.292) kaynaklanmaktadır; bu da, iddia edildiği gibi analiz altındaki lokusların mütevazı bir genel bilgilendiriciliğine işaret etmektedir. [29]. Ayrıca İtalyan kümelenmelerinde alt yapının varlığını araştırmak için İtalyan genotiplerini koleksiyonun geri kalanından ayrı olarak analiz etmek daha iyi olurdu. Muhtemelen ampirik seçilim altındaki coğrafi tabakalaşmaya veya özelliklere bağlı genetik çeşitlilik modelinin görselleştirilmesine olanak tanırdı.
Sonuç olarak bu çalışma, yerel kültürel mirasla ilişkilendirilen ve çiftçiler için ekonomik öneme sahip bir yerel soğan çeşidi hakkında kapsamlı bir rapor sunmaktadır. Sonuçlarımız, birkaç istisna dışında, ARO'nun genetik erozyon riskinden korunmayı hak eden, iyi tanımlanmış bir gen havuzuyla karakterize edildiğini vurgulamaktadır. Bu nedenle, bu değerli genetik çeşitlilik kaynağının temsili bir koleksiyonunun oluşturulması çok önemli olmuştur. Son olarak, ARO'nun genetik ve fenotipik karakterizasyonu Avrupa Birliği'nden kalite işaretleri almak için faydalı olabilir.
Malzemeler ve yöntemler
Germplazm Toplama, Bitki Materyali ve DNA Ekstraksiyonu
Bir Apulia Bölgesi projesi (BiodiverSO:) çerçevesinde ARO yerel türüne ait 13 popülasyondan oluşan bir set elde edildi. https://www.biodiversitapuglia.it/)İtalya'nın Bari eyaletindeki küçük bir Apulian kasabası olan "Acquaviva delle Fonti"de gerçekleştirilen bir dizi görev aracılığıyla. Her bir katılımın toplama alanları Coğrafi Bilgi Sistemi (GIS) aracılığıyla haritalandırılmış ve Tabloda rapor edilmiştir. 4. Ayrıca TRO yerel türünden iki popülasyon ve MCO yerel türünden bir popülasyon bu çalışmaya dahil edilmiş ve referans olarak kullanılmıştır. Tüm bitki materyali, Bari Üniversitesi'nin "P Martucci" deney çiftliğinde (41° 1'22.08″ N, 16°54'25.95″ E) aynı çevre koşullarında, çapraz tozlaşmayı önlemek için koruma kafesi altında yetiştirildi. popülasyonları ve sinekler yoluyla popülasyon içi tozlaşmanın sağlanması (Lucilia Sezar). 16 popülasyon, ampul boyutu ve şekli ile deri ve et rengiyle ilgili özellikler açısından karakterize edildi (Tablo S1). Ek olarak, elde taşınan bir refraktometre kullanılarak katı çözünür içerik tahlili yapıldı ve 2,4-dinitrofenil hidrazin (%0.125) eklenerek soğan suyu numunelerinde keskinlik ölçüldü. v/v tarafından bildirildiği gibi 2N HCl içinde) ve 420 nm'de absorbansın değerlendirilmesi [31]. Anlamlı farklılıkların varlığını belirlemek için Duncan'ın çoklu aralık testi ve SNK testi yapıldı.
Tablo 4. Bu Çalışmada Toplanan ve Genotipi Belirlenen Popülasyonların Listesi. Her Populasyon İçin Kimlik Kodu, Yerel Ad, GPS Koordinatı ve Tohumların Saklandığı Gen Bankası Raporlanmaktadır.
Kod | Name | GPS koordinatları | Gen Bankası y |
ARO1 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°54’21.708″ N 16°49’1.631” E | Di.SSPA |
ARO2 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°53’14.28″ N 16°48’56.879” E | Di.SSPA |
ARO3 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°54’11.304″ N 16°49’13.079” E | Di.SSPA |
ARO4 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°54’3.348″ N 16°40’27.011” E | Di.SSPA |
ARO5 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°51’59.76″ N 16°53’0.527” E | Di.SSPA |
ARO6 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°52’48.72″ N 16°49’43.247” E | Di.SSPA |
ARO7 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°53’13.47″ N 16°50’23.783” E | Di.SSPA |
ARO8 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°53’18.816″ N 16°49’33.888” E | Di.SSPA |
ARO9 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°54'51.372″ N 16°49'3.504başlıklı bir kılavuz yayınladı E | Di.SSPA |
ARO10 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°54’1.188″ N 16°49’24.311” E | Di.SSPA |
ARO11 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°52'49.8″ N 16°49'48.575başlıklı bir kılavuz yayınladı E | Di.SSPA |
ARO12 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°52’38.892″ N 16°49’28.379” E | Di.SSPA |
ARO13 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°53’21.768″ N 16°49’29.711” E | Di.SSPA |
TRO1 | Cipolla rossa lunga di Tropea | - | Di.SSPA |
TRO2 | Cipolla rossa tonda di Tropea | - | Di.SSPA |
MCO | Cipolla Ramata di Montoro | - | Di.SSPA |
y Di.SSPA, Toprak, Bitki ve Gıda Bilimleri Bölümü, Bari Üniversitesi. |
Popülasyon başına 20 genotipin yaprak materyali örneklendi ve kullanılıncaya kadar -80 °C'de saklandı. Polisakkarit bakımından zengin türler için A. cepa, İyi kalitede DNA elde etmek için polisakaritin çıkarılmasına yönelik ilk adımlar esastır, bu nedenle STE tamponunda (0.25 M sukroz, 0.03 M Tris, 0.05 M EDTA) ilk yıkamalar, burada tarif edildiği gibi gerçekleştirildi. [52]. CTAB yöntemi izlenerek toplam DNA ekstre edildi [53] ve son olarak Nano Drop 2000 UV-vis spektrofotometre (ThermoScientific, Waltham, MA, ABD) ve %0.8 agaroz jel elektroforezi ile kalite ve konsantrasyon açısından kontrol edildi.
SSR Analizi
Tarafından geliştirilen 16 EST-SSR primer kombinasyonu [54] ve daha önce genetik çeşitlilik çalışmalarında test edilmiş [43] ve [44] ve 21 genomik SSR [45-55] uygunluklarını değerlendirmek için tarandı (Ek Tablo S4). Genotipleme, M13 kuyruğunun her ileri SSR primerine eklendiği ekonomik floresan etiketleme yöntemi kullanılarak gerçekleştirildi. [56]. PCR karışımları, aşağıdakileri içeren 20 gL reaksiyonda hazırlandı: 50 ng toplam DNA, 0.2 mM dNTP karışımı, 1X PCR reaksiyon tamponu, 0.8 U DreamTaq DNA polimeraz (Thermo Scientific, Waltham, MA, ABD), 0.16 gM ters primer , M0.032 dizisi (13′-TGTAAAACGACGGCCAGT-5′) ile uzatılmış 3 gM ileri primer ve FAM veya NED floresan boyaları (Sigma-Aldrich, St. Louis, MO, ABD) ile etiketlenmiş 0.08 gM evrensel bir M13 primeri. PCR reaksiyonları, Primer çiftlerinin çoğunluğu için aşağıdaki koşullarla SimpliAmp (Applied Biosystems, CA, ABD) termodöngücüde gerçekleştirildi: 94 dakika boyunca 5 °C, 40 °C'de 94 saniye boyunca 30 döngü, 58 °C 45 saniye boyunca ve 72 °C'de 45 saniye boyunca ve 72 °C'de 5 dakika boyunca son bir uzama. ACM446 ve ACM449'a gelince, 60 °C ila 55 °C'de 10 döngü boyunca tavlama, 30 °C'de 55 döngü ve ardından 5 °C'de 72 dakikalık son uzatma ile bir touchdown PCR uygulandı. PCR ürünleri 96 oyuklu bir plakaya yüklendi ve 14 gL Hi-Di Formamide (Life Technologies, Carlsbad, CA, ABD) ve 0.5 gL GeneScan 500 ROX Boyut Standardı (Life Technologies, Carlsbad, CA, ABD) ile karıştırıldı. Amplikonlar, ABI PRISM 3100 Avant Genetic Analizör (Life Technologies, Carlsbad, CA, ABD) kılcal sıralama makinesi aracılığıyla çözüldü; burada aleller, ortak baskın olarak puanlandı ve GeneMapper Yazılımı Sürüm 3.7 kullanılarak atandı.
GenAlEx 6.5 yazılımları [57] ve Cervus 3.0.7 [58] alel sayısını (Na), etkili alel sayısını (Ne), gözlemlenen heterozigotluğu (Ho), beklenen heterozigotluğu (He), polimorfik bilgi içeriğini (PIC), Shannon bilgi indeksini (I) ve fiksasyon indeksini (Fis) tahmin etmek için kullanıldı. ) her SSR lokusu için.
Genetik Çeşitliliğin Değerlendirilmesi
Soğan popülasyonları arasındaki ve içindeki genetik çeşitliliğin hiyerarşik bölünmesi GenAlEx 6.5 tarafından değerlendirildi. [57] Anlamlılığı test etmek için 999 önyükleme ile moleküler varyans analizi (AMOVA) yoluyla. Ayrıca GenAlEx 6.5 yazılımı, tüm SSR lokusları üzerindeki Ho, He ve Fis'in ortalamasını hesaplayarak her bir popülasyon içindeki çeşitliliği tahmin etmek için kullanıldı.
Nüfus yapısı, STRUCTURE v.2.3.4 yazılımında uygulanan Bayes modeline dayalı kümeleme algoritması ile çıkarılmıştır. [59]. Veri seti, her K değeri başına on bağımsız çalışma ayarlayarak, 1 ila 10 arasında değişen bir dizi varsayımsal kümeyle (K) çalıştırıldı. Sonuçların tutarlılığını doğrulamak amacıyla her çalıştırma için, karışım modeli ve popülasyonlar arasındaki bağımsız alel frekansları altında 100,000 başlangıç yanma süresi ve 100,000 Markov Zinciri Monte Carlo (MCMC) yinelemesi gerçekleştirildi. En olası K değeri, aşağıdaki şekilde açıklanan AK yöntemi uygulanarak belirlendi: [60], web tabanlı YAPI HARVESTER programında [61]. Bireysel bir popülasyon, üyelik katsayısı (q-değeri) 0.7'den yüksek olduğunda belirli bir kümeye atandı, aksi takdirde karışık soydan olduğu kabul edildi.
Nei'nin genetik mesafe matrisinin ortaya çıkardığı katılımlar arasındaki genetik ilişki modellerini görselleştirmek için ana koordinat analizi yapıldı (Ek Tablo S5). Alel frekanslarına dayalı olarak, POPTREEW yazılımında aritmetik ortalamalar (UPGMA) küme analizi ile ağırlıklandırılmamış çift grup yöntemi uygulanarak bir genetik mesafe dendrogramı oluşturuldu. [62]. Hiyerarşik kümelemeye olan güveni değerlendirmek için ön yükleme uygulandı ve veri kümesinin 100 yeniden örneklenmesi ayarlandı. Son olarak MEGA X yazılımı [63] ağaç çizim yazılımı olarak kullanıldı.
Ek Malzemeler: Aşağıdaki online olarak mevcuttur http://www.mdpi.com/2223-7747/9/2/260/s1. Tablo S1: ARO, MCO ve TRO ampullerinin morfolojik karakterizasyonu. Tablo S2: ARO yerel türleri ile TRO ve MCO yerel türleri için hesaplanan heterozigotluk ve fiksasyon endeksleri. Tablo S3: Fpt parametresinin ikili değerleri. Tablo S4: Çalışmada kullanılan SSR'lerin listesi. Tablo S5. Nei genetik mesafesinin ikili popülasyon matrisi. Şekil S1: Evanno'nun Delta K'sına göre değişen K değerlerinin çizgi grafiği.
Yazar Katkıları: CL ve LR çalışmayı tasarladı ve deneyi tasarladı; CL ve PI moleküler marker analizi gerçekleştirdi; ARM ve VZ saha denemelerini gerçekleştirdi; RM, SP, GR ve CL veri analizine dahil edildi; Taslağı RM ve CL yazdı. Tüm yazarlar yazının yayınlanmış versiyonunu okudu ve kabul etti.
Fonlama: Bu çalışma, "Apulya'daki sebze türlerinin biyolojik çeşitliliği" başlıklı Bölgesel Apulya projesi tarafından finanse edildi - Programma di Sviluppo Rurale per la Puglia 2014-2020. Misura 10—Sottomisura 10.2; Grant CUP H92C15000270002, İtalya.
Teşekkür: Deneyde kullanılan bitki materyallerini sağladığı için "Azienda Agricola Iannone Anna" ve "Associazione produttori della vera cipolla rossa di Acquaviva"ya teşekkür ederiz.
Çıkar Çatışmaları: Yazarlar çıkar çatışması olmadığını beyan eder.
Referanslar
- 1. Stearn, WT Allium'un kaç türü bilinmektedir? Kew Mag. 1992, 9, 180-182. [CrossRef]
- 2. FAOSTAT. FAO İstatistik Veritabanı. Çevrimiçi olarak mevcuttur: http://www.fao.org/2017 (8 Ocak 2019'da erişildi).
- 3. Blok, E. Sarımsak ve soğanın kimyası. Sci. Am. 1985, 252, 114-119. [CrossRef]
- 4. Lee, B.; Jung, JH; Kim, HS Sıçanlarda kırmızı soğanın antioksidan aktivite üzerine değerlendirilmesi. Gıda Kimyası Toksikol. 2012, 50, 3912-3919. [CrossRef]
- 5. Lee, SM; Ay, J.; Chung, JH; Cha, YJ; Shin, MJ Quercetin bakımından zengin soğan kabuğu ekstraktlarının sıçanlarda arteriyel tromboz üzerindeki etkisi. Gıda Kimyası Toksikol. 2013, 57, 99-105. [CrossRef] [PubMed]
- 6. Yoshinari, O.; Shiojima, Y.; Igarashi, K. Zucker diyabetik yağlı sıçanlarda soğan ekstraktının anti-obezite etkileri. Besinler 2012, 4,1518-1526. [CrossRef]
- 7. Akash, MSH; Rehman, K.; Chen, S. Baharat bitkisi Allium cepa: Tip 2 diyabetin tedavisi için besin takviyesi. Beslenme 2014, 30, 1128-1137. [CrossRef] [PubMed]
- 8. Wang, Y.; Tian, WX; Ma, XF Soğanın İnhibitör Etkileri (Allium cepa L.) ekstraktı, yağ asidi sentazını inhibe ederek kanser hücrelerinin ve adipositlerin çoğalmasını sağlar. Asya Pak. J. Kanser Önceki. 2012,13, 5573-5579. [CrossRef] [PubMed]
- 9. Lai, WW; Hsu, SC; Chueh, FS; Chen, YY; Yang, JS; Lin, JP; Lien, JC; Tsai, CH; Chung, JG Quercetin, NF-kappaB ve matris metaloproteinaz-2/-9 sinyal yollarının inhibisyonu yoluyla SAS insan ağız kanseri hücrelerinin göçünü ve istilasını engeller. Antikanser Araş. 2013, 33, 1941-1950. [PubMed]
- 10. Nicastro, HL; Ross, SA; Milner, JA Sarımsak ve soğan: Kanseri önleme özellikleri. Kanser Önceki. Res. 2015, 8,181-189. [CrossRef]
- 11. Forte, L.; Torricelli, P.; Boanini, E.; Gazzano, M.; Rubini, K.; Fini, M.; Bigi, A. Quercetin ile işlevselleştirilmiş hidroksiapatitin antioksidan ve kemik onarımı özellikleri: Bir in vitro osteoblast-osteoklast-endotel hücre ortak kültürü çalışması. Açta Biomater. 2016, 32, 298-308. [CrossRef]
- 12. Yamazaki, Y.; Iwasaki, K.; Mikami, M.; Yagihashi, A. Yedi Allium sebzesinde on bir lezzet öncüsü olan S-Alk(en)il-L-sistein türevlerinin dağılımı. Gıda Bilimi Teknoloji. Res. 2011, 17, 55-62. [CrossRef]
- 13. Block, E. Allium Cinsinin organosülfür kimyası - Kükürtün organik kimyası için çıkarımlar. Ange. Kimya Int. Ed. İngilizce 1992, 31, 1135-1178. [CrossRef]
- 14. Griffiths, G.; Trueman, L.; Crowther, T.; Thomas, B.; Smith, B. Onions-Sağlığa küresel bir fayda. bitki Araş. 2002,16, 603-615. [CrossRef]
- 15. Schwimmer, S.; Weston, WJ Keskinliğin bir ölçüsü olarak soğandaki piruvik asidin enzimatik gelişimi. J. Agric. Gıda Kimyası 1961, 9, 301-304. [CrossRef]
- 16. Ketter, CAT; Randle, WM Soğanlarda keskinlik değerlendirmesi. İçinde Laboratuvar Öğretimine Yönelik Test Edilmiş Çalışmalar; Karcher, SJ, Ed.; Biyoloji Laboratuvarı Eğitimi Derneği (ABLE): New York, NY, ABD, 1998; Cilt 19, sayfa 177-196.
- 17. Hanelt, P Taksonomi, evrim ve tarih. İçinde Soğanlar ve Müttefik Bitkiler, Cilt. I. Botanik, Fizyoloji ve Genetik; Rabinowitch, HD, Brewster, JL, Eds.; CRC Press: Boca Raton, FL, ABD, 1990; s. 1-26.
- 18. Rabinowitch, HD; Currah, L. Allium Mahsul Bilimi: Son Gelişmeler; CABI Yayıncılık: Wallingford, İngiltere, 2002.
- 19. Mallor, C.; Carravedo, M.; Estopanan, G.; Mallor, F. Soğanın genetik kaynaklarının karakterizasyonu (Allium cepa L.) İspanyol ikincil çeşitlilik merkezinden. Açıklık. J. Agric. Res. 2011, 9, 144-155. [CrossRef]
- 20. Ferioli, F.; D'Antuono, LF İtalya ve Ukrayna'dan yerel soğan ve arpacık soğanındaki fenolikler ve sistein sülfoksitlerin değerlendirilmesi. Genet. Kaynak. Mahsul Evol. 2016, 63, 601-614. [CrossRef]
- 21. Petropoulos, SA; Fernandes, A.; Barros, L.; Ferreira, ICFR; Ntatsi, G. Yunanistan'a özgü bir soğan yerel çeşidi olan 'vatikiotiko'nun morfolojik, besinsel ve kimyasal tanımı. Gıda Kimyası 2015,182, 156-163. [CrossRef]
- 22. Liguori, L.; Adiletta, G.; Nazzaro, F.; Fratianni, F.; Di Matteo, M.; Albanese, D. Akdeniz bölgesindeki farklı soğan çeşitlerinin biyokimyasal, antioksidan özellikleri ve antimikrobiyal aktivitesi. J. Gıda Ölçüsü. Karakter. 2019,13, 1232-1241. [CrossRef]
- 23. Yoo, KS; Pike, L.; Crosby, K.; Jones, R.; Leskovar, D. Çeşitlere, büyüme ortamına ve soğan boyutlarına bağlı olarak soğan keskinliğinde farklılıklar. Bilim. Hortik. 2006,110, 144-149. [CrossRef]
- 24. Beesk, N.; Perner, H.; Schwarz, D.; George, E.; Kroh, LW; Rohn, S. Genotipten etkilenen soğan soğanının (Allium cepa L.) farklı kısımlarındaki kersetin-3, 4′-O-diglukozit, kersetin-4′-O-monoğlukozit ve kersetinin dağılımı. Gıda Kimyası 2010,122, 566-571. [CrossRef]
- 25. Caruso, G.; Conti, S.; Villari, G.; Borrelli, C.; Melchionna, G.; Minutolo, M.; Russo, G.; Amalfitano, C. Ekim zamanı ve bitki yoğunluğunun soğanın verimi, kalitesi ve antioksidan içeriği üzerine etkileri (Allium cepa L.) güney İtalya'da. Bilim. Hortik. 2014,166, 111-120. [CrossRef]
- 26. Perez-Gregorio, MR; Regueiro, J.; Simal-Gandara, J.; Rodrigues, AS; Almeida, DPF Antioksidan flavonoid kaynağı olarak soğanın katma değerinin arttırılması: Kritik bir inceleme. Crit. Rev. Food Sci. Nutr. 2014, 54,1050-1062. [CrossRef] [PubMed]
- 27. Pohnl, T.; Schweiggert, RM; Carle, R. Yetiştirme yönteminin ve çeşit seçiminin soğandaki çözünür karbonhidratlar ve keskin prensipler üzerindeki etkisi (Allium cepa L.). J. Agric. Gıda Kimyası 2018, 66, 12827-12835. [CrossRef] [PubMed]
- 28. Tedesco, I.; Carbone, V.; Spagnuolo, C.; Minasi, P.; Russo, GL İki güney İtalyan çeşidinden flavonoidlerin tanımlanması ve miktarının belirlenmesi Allium cepa L., Tropea (kırmızı soğan) ve Montoro (bakır soğan) ve bunların insan eritrositlerini oksidatif stresten koruma kapasiteleri. J. Agric. Gıda Kimyası 2015, 63, 5229-5238. [CrossRef]
- 29. Villano, C.; Esposito, S.; Carucci, F.; Frusciante, L.; Carputo, D.; Aversano, R. Soğandaki yüksek verimli genotipleme, genetik çeşitliliğin yapısını ve moleküler üreme için faydalı bilgilendirici SNP'leri ortaya koyuyor. Mol. Doğurmak. 2019, 39, 5. [CrossRef]
- 30. Mercati, F.; Longo, C.; Poma, D.; Araniti, F.; Lupini, A.; Mammano, MM; Fiore, MC; Abenavoli, MR; Sunseri, F Uzun raf ömrüne sahip İtalyan domatesinin genetik varyasyonu (Solanum lycopersicum L.) SSR ve morfolojik meyve özellikleri kullanılarak toplanması. Genet. Kaynak. Mahsul Evol. 2014, 62, 721-732. [CrossRef]
- 31. Gonzalez-Perez, S.; Mallor, C.; Garces-Claver, A.; Merinos, F.; Taboada, A.; Rivera, A.; Pomar, F.; Peroviç, D.; Silvar, C. Bir soğan koleksiyonunda genetik çeşitlilik ve kalite özelliklerinin araştırılması (Allium cepa L.) kuzeybatı İspanya'dan gelen yerel çeşitler. Genetik 2015, 47, 885-900. [CrossRef]
- 32. Lotti, C.; Iovieno, P.; Centomani, I.; Marcotrigiano, AR; Fanelli, V.; Mimiola, G.; Summo, C.; Pavan, S.; Ricciardi, L. Lahananın genetik, biyo-tarımsal ve beslenme karakterizasyonu (Brassica oleracea L var. -acephala) Apulia, Güney İtalya'daki çeşitlilik. Çeşitlilik 2018,10, 25. [CrossRef]
- 33. Bardaro, N.; Marcotrigiano, AR; Bracuto, V.; Mazzeo, R.; Ricciardi, F.; Lotti, C.; Pavan, S.; Ricciardi, L. Direncin genetik analizi Orobanche crenata (Çatal.) bezelye içinde (Pisum sativum) L.) düşük strigolakton çizgisi. J. Bitki Pathol. 2016, 98, 671-675.
- 34. Wako, T.; Tsukazaki, H.; Yaguchi, S.; Yamashita, K.; Ito, S.; Shigyo, M. Soğan demetlemede cıvatalama süresi için kantitatif özellik lokuslarının haritalanması (Allium fistülozum L.). öphytica 2016, 209, 537-546. [CrossRef]
- 35. Dhaka, N.; Mukhopadhyay, A.; Paritosh, K.; Gupta, V.; Pental, D.; Pradhan, AK Genik SSR'lerin tanımlanması ve SSR tabanlı bir bağlantı haritasının oluşturulması Brassica juncea. Euphytica 2017, 213, 15. [CrossRef]
- 36. Anandhan, S.; Mote, SR; Gopal, J. Soğan çeşidi kimliğinin SSR belirteçleri kullanılarak değerlendirilmesi. Tohum Bilimi. Teknoloji. 2014, 42, 279-285. [CrossRef]
- 37. Mitrova, K.; Svoboda, P.; Ovesna, J. Soğan çeşitlerinin Çek Cumhuriyeti'nden farklılaştırılması için bir işaretleyici setinin seçimi ve doğrulanması. Çek J. Genet. Bitki Cinsi. 2015, 51, 62-67. [CrossRef]
- 38. Di Rienzo, V.; Miazzi, MM; Fanelli, V.; Sabetta, W.; Montemurro, C. Apulian zeytin genetik biyolojik çeşitliliğinin korunması ve karakterizasyonu. Açta Hortic. 2018,1199,1-6. [CrossRef]
- 39. Mallor, C.; Arnedo-Andres, A.; Garces-Claver, A.İspanyolların genetik çeşitliliğinin değerlendirilmesi Allium cepa Mikrosatellit işaretleyiciler kullanılarak soğan yetiştiriciliğine yönelik yerel çeşitler. Bilim. Hortik. 2014,170, 24-31. [CrossRef]
- 40.Rivera, A.; Mallor, C.; Garces-Claver, A.; Garcia-Ulloa, A.; Pomar, F.; Silvar, C. Soğandaki genetik çeşitliliğin değerlendirilmesi (Allium cepa L.) kuzeybatı İspanya'daki yerel çeşitler ve Avrupa değişkenliğiyle karşılaştırılması. NZJ Mahsul Hortik. 2016, 44, 103-120. [CrossRef]
- 41. De Giovanni, C.; Pavan, S.; Taranto, F.; Di Rienzo, V.; Miazzi, MM; Marcotrigiano, AR; Mangini, G.; Montemurro, C.; Ricciardi, L.; Lotti, C. Küresel nohut germplazm koleksiyonunun genetik varyasyonu (Cicer arietinum L.) genetik erozyon riski taşıyan İtalyan katılımları dahil. Fizyol. Mol. Biyol. Bitkiler 2017, 23, 197-205. [CrossRef]
- 42. Mazzeo, R.; Morgese, A.; Sonnante, G.; Zuluaga, DL; Pavan, S.; Ricciardi, L.; Lotti, C. Brokoli rabesinde genetik çeşitlilik (Brassica rapa L. subsp. sylvestris'lerin (L.) Janch.) Güney İtalya'dan. Bilim. Hortik. 2019, 253, 140-146. [CrossRef]
- 43. Jakse, M.; Martin, W.; McCallum, J.; Havey, M. Soğan çeşidinin tanımlanması için tek nükleotid polimorfizmleri, indeller ve basit dizi tekrarları. J. Am. Sos. Hortik. Bilim. 2005,130, 912-917. [CrossRef]
- 44. McCallum, J.; Thomson, S.; Pither-Joyce, M.; Kenel, F. Ekili soğanda eksprese edilen sekans etiketi-basit sekans tekrar işaretleyicilerine dayalı genetik çeşitlilik analizi ve tek nükleotid polimorfizm işaretleyici gelişimi. J. Am. Sos. Hortik. Bilim. 2008,133, 810-818. [CrossRef]
- 45. Baldwin, S.; Pither-Joyce, M.; Wright, K.; Chen, L.; McCallum, J. Soğan içindeki ve arasındaki genetik çeşitliliğin tahmin edilmesi için sağlam genomik basit dizi tekrar işaretleyicilerinin geliştirilmesi (Allium cepa L.) popülasyonlar. Mol. Doğurmak. 2012, 30, 1401-1411. [CrossRef]
- 46. DeWoody, JA; Honeycutt, RL; Skow, LC Beyaz kuyruklu geyiklerdeki mikrosatellit işaretleri. J. Hered. 1995, 86, 317-319. [CrossRef] [PubMed]
- 47. Khodadadi, M.; Hassanpanah, D. İran soğanı (Allium cepa L.) çeşitlerin akrabalı yetiştirme depresyonuna tepkileri. Dünya Başvurusu Bilim. J. 2010,11, 426-428.
- 48. Abdou, R.; Bakasso, Y.; Saadou, M.; Baudoin, JP; Hardy, OJ Nijer soğanlarının genetik çeşitliliği (Allium cepa L.) basit dizi tekrar belirteçleri (SSR) ile değerlendirildi. Açta Hortic. 2016,1143, 77-90. [CrossRef]
- 49. Pavan, S.; Lotti, C.; Marcotrigiano, AR; Mazzeo, R.; Bardaro, N.; Bracuto, V.; Ricciardi, F.; Taranto, F.; D'Agostino, N.; Schiavulli, A.; ve ark. Genom çapında işaretleyici keşfi ve genotiplemeyle ortaya çıkarılan, kültür nohutunda farklı bir genetik küme. Bitki Genomu 2017, 2017,10 [CrossRef]
- 50. Pavan, S.; Marcotrigiano, AR; Ciani, E.; Mazzeo, R.; Zonno, V.; Ruggieri, V.; Lotti, C.; Ricciardi, L. Bir kavunun dizilimi yoluyla genotiplenmesi (Cucumis melo L.) ikincil bir çeşitlilik merkezinden germplazm toplanması, genetik çeşitlilik modellerini ve farklı gen havuzlarının genomik özelliklerini vurgular. BMC Genomu. 2017, 18, 59. [CrossRef]
- 51. Di Rienzo, V.; Sion, S.; Taranto, F.; D'Agostino, N.; Montemurro, C.; Fanelli, V.; Sabetta, W.; Boucheffa, S.; Tamendjari, A.; Pasqualone, A.; ve ark. Akdeniz havzasındaki zeytin popülasyonu arasındaki genetik akış. akran J. 2018, 6. [CrossRef]
- 52. Çoban, LD; McLay, TG Polisakkarit bakımından zengin bitki dokusundan DNA izolasyonu için iki mikro ölçekli protokol. J. Bitki Arş. 2011,124, 311-314. [CrossRef]
- 53. Doyle, JJ; Doyle, JL Bitki DNA'sının taze dokudan izolasyonu. odak 1990,12, 13-14.
- 54. Kuhl, JC; Cheung, F.; Qiaoping, Y.; Martin, W.; Zewdie, Y.; McCallum, J.; Catanach, A.; Rutherford, P.; Lavabo, KC; Jenderek, M.; ve ark. 11,008 soğan ifadeli dizi etiketinden oluşan benzersiz bir set, monokot sipariş kuşkonmaz ve poales arasındaki ifade edilmiş diziyi ve genomik farklılıkları ortaya koyuyor. Bitki hücresi 2004,16, 114-125. [CrossRef]
- 55. Kim, HJ; Lee, İK; Hyun, JY; Şarkı, KH; Kim, KH; Kim, JE; Hur, CG; Harn, CH SSR Finder kullanılarak soğan genetik saflık testi için Marker geliştirme. Koreli J. Breed. Bilim. 2012, 44, 421-432. [CrossRef]
- 56. Schuelke, M. PCR fragmanlarının floresan etiketlenmesi için ekonomik bir yöntem. Nat. Biyoteknoloji. 2000, 18, 233-234. [CrossRef] [PubMed]
- 57. Peakall, R.; Smouse, PE GenAlEx 6.5: Excel'de genetik analiz. Öğretim ve araştırma için popülasyon genetiği yazılımı: Bir güncelleme. Biyoinformatik 2012, 28, 2537-2539. [CrossRef] [PubMed]
- 58. Kalinowski, ST; Konik, ML; Marshall, TC CERVUS bilgisayar programının genotipleme hatasını nasıl ele aldığının gözden geçirilmesi babalık atamasındaki başarıyı artırıyor. Mol. ekol. 2007,16, 1099-1106. [CrossRef]
- 59.Pritchard, JK; Stephens, M.; Rosenberg, NA; Donnelly, P. Yapılandırılmış popülasyonlarda dernek haritalaması. Ben. J. Hım. Genet. 2000, 67, 170-181. [CrossRef]
- 60. Evanno, G.; Regnaut, S.; Goudet, J. Yazılımı kullanan bireylerin küme sayısının tespit edilmesi YAPI: Bir simülasyon çalışması. Mol. ekol. 2005,14, 2611-2620. [CrossRef]
- 61. Earl, D.; VonHoldt, B. YAPI HARVESTER: YAPI çıktısını görselleştirmek ve Evanno yöntemini uygulamak için bir web sitesi ve program. Koru. Genet. Kaynak. 2011, 4. [CrossRef]
- 62. Takezaki, N.; Nei, M.; Tamura, K. POPTREEW: Alel frekansı verilerinden popülasyon ağaçları oluşturmak ve diğer bazı miktarları hesaplamak için POPTREE'nin web sürümü. Mol. Biol. Evrim. 2014, 31, 1622-1624. [CrossRef]
- 63. Kumar, S.; Stecher, G.; Li, M.; Knyaz, C.; Tamura, K. MEGA X. Bilgi işlem platformlarında Moleküler Evrimsel Genetik Analizi. Mol. Biol. Evrim. 2018, 35, 1547-1549. [CrossRef]